1852年スイスの北部ラ・ショードフォンでコンスタン・ジラールとその弟によりに設立されました。1854年にコンスタン・ジラールはマリー・ペルゴと結婚し、2年後の1856年にジラール・ペルゴに社名変更されました。
1867年のパリ万国博覧会において、スリー・ゴールド・ブリッジ付きトゥールビヨンが金賞を受賞し、1880年時計史上初の量産腕時計を製作。1906年にボット社と合併。
1969年に腕時計用クォーツの開発に成功し、翌年にはスイス初のクォーツ時計の量産に成功しました。製品化世界初というタイトルはセイコーに譲りましたが、ジラール・ペルゴが採用した周波数32,768Hzは世界規格となりました。しかしながら、日本製のクォーツに市場が押され、苦しくも経営危機となりました。
1987年、イタリアでのブライトリング・ブームの火付け役となった時計販売会社トラデマ社がジラール・ペルゴの公式エージェントになり、トラデマ社社長のルイジ・マカルーソがデザインしたGP7000のデザインが斬新で、アルマーニが愛用した事で大ヒットとなりました。その後、1992年ルイジ・マカルーソが社長に就任し、クォーツ・ショック以来の本格的な経営再建の乗り出し、1993年フェラーリとのブランド・ライセンス契約。伝統のフェラーリの跳馬マークを文字盤に配した限定版のスプリット・セコンド・クロノグラフを完成させ2週間で完売しました。そして経営基盤を徐々に建て直し1997年に完全に経営再建を果たし、現在に至ります。